前期の決算では法人税等について全く扱っていないのですが、法人税等はどのように経理処理すればよいのでしょうか？

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前期で何も処理していないということであれば、後期の支払時に相手勘定を「法人税等」という科目か「法人税、住民税および事業税」と言う科目があると思いますので、そこで処理します。法人税の申告書上では、損金（経費）から除外して扱います。なお、事業税部分だけは当期の損金（経費）になります。

本来であれば、第一期に法人税等／未払法人税等という仕訳を入力して、第二期は未払法人税等を支払うのが正しいと思います。