本体価格と税込み価格は、事業主として、区別(例.帳簿上)しておかないといけないのでしょうか?　

区別しないと、確定申告又は税務上(又はそれ以外に)、何か問題があるのでしょうか?

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帳簿としては区別の必要があります。消費税については、

・商品の売り上げなどで受け取った消費税

・仕入れなどにより支払った消費税

とがあります。決算時には、受け取った消費税と支払った消費税とを相殺して、納税しなければなりません。そのために、消費税を意識しておく必要があります。

ただし、売り上げが1,000万円未満の場合は、消費税を支払う必要がありません。もし、売り上げを1,000万円未満と見込んでおられるのであれば、消費税はあまり意識しなくても良いということにはなりますが、将来のことを考えれば、消費税の知識を身につけて置くことは悪いことではないと思います。