現在、店舗経営を考えています。

まずは小さな店舗からはじめようと思っているのですが、 将来、店舗を全国にいくつも増やした場合、 納税場所は本社所在地のみになるのでしょうか？

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基本的には法人税や消費税等の国税関係のものについては、本店所在地のある税務署に納付することになります。すなわち、ご質問者さまの会社の本店が名古屋にあれば、全国に支店があろうとも国税に関しては、本店所在地のある名古屋での納付となります。

一方、住民税や償却資産税などの地方税に関しては、その本店や支店のある地方自治体にそれぞれ納付することが必要となります。もし、47都道府県に支店がある場合には、47都道府県にそれぞれ税金を納付することが必要となります。これはビジネス拡大に伴う必要な手続きとして考えないといけないと思いますし、もしそうなれば、ご質問者さまにとってもある意味ではうれしい悲鳴といえると思います。