法人の本店は福岡にしていますが、登記上であり実際の実務営業すべて神奈川県で行っております。この場合、福岡の法人住民税均等割りも課税されるのでしょうか？

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福岡の住民税均等割りも課税されます。県民税、市民税です。

実際に事業を行っている都道府県に登記を移された方が、何かと手続上便利と思われます。