現在、副業をしていてある程度の収入があります。（年間１００万以上）

この場合、本業の年末調整は通常どおり、書類を提出しても問題ないでしょうか？

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副業で年間１００万円程度の収入があるとのことですが、年末調整は通常とおり実施することになります。会社の方には、いつもどおり通常の書類を提出ください。

ただし、給与の支払を受けている人で給与以外の収入がある場合、給与所得および退職所得以外の合計額が２０万円を超える人は、確定申告をする必要があります。（所得とは、収入−経費の金額です。）

○○さんの場合には、翌年の３月１５日までに副業の収入と給与収入とを合算して確定申告しなければならない可能性がありますので、ご注意ください。