私が代表取締役、妻が取締役、にて営業を開始し、現時点では、計画どおりに会社を経営しております。

今後の展開に原資が必要となるため、増資したいと考えていますが、増資資金を捻出するために、妻が取締役のままアルバイトする場合に考えられる税務上の留意点を教えて下さい。

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もし、取締役として役員報酬をもらっていると、どちらに税務上有利な甲欄を適用するのかがポイントになってきます。
といいますのは、甲欄の適用に必要な扶養控除等申告書を一カ所にしか提出できないためです。

また、社会保険をどちらで加入するのかという点も出てきますが、正社員ということでなければあまり影響はないかと思います。
また、年末時点で２カ所で働いていると確定申告が必要になるので、どちらかに統一すると年末調整だけで済みます。