たとえばサークルのような任意活動団体が徐々に大きくなり、会費・寄付等もそれなりに集まるようになって、事務局みたいなものを作り、事務局事務所代や事務局員給料をその会費・寄付の中から発生させた場合、任意団体でも税金等はかかるのでしょうか？

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任意団体で代表者又は管理者を決めている場合、規模の大小にかかわらず「人格のない社団等」とよばれ税法上は法人とみなされます。（通常だれも管理していないことはありえないので、法人とみなされることになります。）

ただし、「人格のない社団等」は収益事業を営む場合に限り課税されることとなっていますので収入が会費・寄付のみの場合には法人税は課税されません。この場合、収支計算書などは構成員に報告する程度にとどまります。

※収益事業とは＜法人税法施行令第５条＞において３４業種に限定されています。

また、会費・寄付は一般的に対価性がないことから消費税も課税されないものと考えられます。（ただし、反対給付のある会費は課税収入とみられる可能性があます。）

ただし、事務員さんに支払った給料につきましては所得税の源泉徴収だけは義務になりますのでご注意ください。