資本金20万で合同会社LLCとする予定ですので開業時と翌年は消費税が免除されると思いますが、その際、売上や仕入の仕訳に消費税は記載するのでしょうか？

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消費税の会計処理には「税込経理」と「税抜経理」があります。税抜きは消費税を別に処理するやり方です。当初２年間は免税になるでしょうから、経理処理は税込処理になります。

現金１０５/売上１０５

仕入１０５/現金１０５

というように消費税のことを無視して処理をしてください。

御社が免税だからといって消費税分を請求できないわけではありません。仮に取引先に１００の売上と５の消費税をもらった場合（得意先に消費税を請求することは問題ありません）、請求書は手数料１００（消費税５）として請求してかまいません。

しかし、会計処理はあくまでも現金１０５/売上１０５となります。消費税分が儲かってしまう形になります。これを益税といって、消費税のおかしな点ではありますが、現行制度上は問題ありません。