製造業で起業することを考えているのですが、海外に本社がある場合、そこから日本国内の店に卸売りをすると、日本国内で所得税を払わなくてはいけないのでしょうか？

【無料】事業計画作成サポートツールなら、3分で事業計画書が無料で作れます。さらに作成した事業計画書を先輩経営者と比較した順位も判定。要チェック！＞＞

◆日本で行う場合
ただ、日本に支店登記をして、日本でも営業活動を行うと、その分は、日本での税務申告をしなければなりません。
この場合に日本で必要な税務申告は、法人税、法人事業税、法人住民税、消費税などがあります。

つまり、両方の国で税務申告が必要になります。

ただし、いったん日本、またはアメリカで納めた税金は、日米租税条約によって、もう一方では納める必要はありません。

つまり、税金の二重取りはないわけです。

また、商品の輸入を行った場合には、関税や消費税が課税されます。