年商一千万円に達していない個人事業主の方に仕事を頼んだ際、消費税を課税してきました。

これに対応するべきでしょうか？

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小規模事業者からの消費税請求に対し疑問をもたれたということについて心情的には理解できますが、 相手が消費税を請求したこと自体に問題はありません。消費税は「事業者が行った資産の譲渡やサービスの提供」が課税の対象になります。 ですから原則的には、課税の対象となる取引をしているすべての事業者に消費税の納税義務があります。

ただし、小規模事業者の事務負担等を配慮して、基準期間における課税売上高が１千万円以下の事業者は消費税の納税義務を免除されているのです。（ちなみに１千万円以下であれば納税義務が免除されるというだけであって、届出書を提出して納税することもできます。）

取引の際に消費税を請求するかどうかという判断は、その事業者の納税義務の有無によって行うのではなく、その取引が消費税の課税対象になるかどうかで行うことになるのです。なお、免税事業者が消費税を預った場合、その消費税額は納税されることなくその事業者の売上高に含まれることになります。