企業の運営上、銀行口座の使途について代表者個人名義と法人名義の口座を混同して使用することは出来ますか？

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１）総勘定元帳には必ず取引を記載する。
法人の財務諸表作成にあたり、総勘定元帳には必ず、個人口座について法人口座と同じように記載してください。
事業として使用しているので、当然に経理書類に反映させて、簿外扱いにしてはいけません。

さらに、「注釈」として個人名義口座を利用せざるを得ない理由（今回の場合、「当該金融機関の都合で法人口座が開設出来ません」等）を明記しておく必要があります。

２）プライベートの入手金（振込も含む）の利用は避けてください。
事業専用としての使用が妥当です。

◆まとめ
上記のとおり、個人名義の口座を使用することには問題ありませんが、
事業を始めると税務申告、または金融機関へ財務諸表を提出することがあります。

その際、財務諸表の「真実性」、「明瞭性」を保持しておく必要があるのです。

仮に個人口座を事業用として使用するのでしたら、改めて事業用として個人口座を開設してはいかがでしょうか。