領収書ではなくレシートを保存してましたが、手書きの領収書に切り替えた方がよいのでしょうか？

レシートでは税務署で経費と認められないのでしょうか？

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レシートで良いです。

お店によっては、レジでもらったレシートをサービスカウンターに持参し、正規の領収書を別に手書きで書いてもらう例が未だ多いので迷いますね。

昔はレシートに日付もなく、発行者の店名表示もなく単なる数字を羅列した紙だった頃には領収書として扱うことが出来ませんでした。しかし今のレシートは改良されて店名や日付はもちろんのこと、購入した品目単価、数量、担当者、時刻まで記録されています。手書きの場合は品目などを書き換えたり包括することも可能ですのでレシートをわざわざ手書きに変えている場合が非常に多いとき、何らかの理由があるのかと憶測される原因にもなります。いまやレシートと手書き領収書の立場は逆転したと言えるようです。

また、レシートを手書きの領収書に書き換えた場合、金額が3万円以上の時には収入印紙を貼らなければ正規領収書と認められません。ただしこれが通用するのは不特定者対象にレシートを発行される場合です。小売業、飲食店業、写真業、旅行業、タクシー業などの業種に限られます。企業間での請負業務等でレーシートを発行することはないと思いますがその場合は、住所、会社名、役職、氏名、捺印、があり件名、内容、金額が改ざんされることのない数字で明記され必要に応じて印紙が添付されるなど適切に作成するべきです。自社で領収書を発行される際にはご注意ください。