海外の市場で購入した際に領収書の発行ができない店だった場合や、販売価格がその国の税金が含まれているのかも分からない時はどうすればよいのでしょうか？

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国内の経費も同様ですが、領収書等が無い場合は出金伝票等を作成してください。

また、税金を含めた金額で経費としておいてください。輸入にかかる消費税の計算は国内における消費税と計算方法が異なりますので。輸入にかかる消費税はあくまで保税地域において商品を引き取った際計算された消費税です。