自宅を事務所にしています。水道・光熱費および電話代について、仕事で使用する費用がそんなに大きくないので、毎月の精算方式ではなく、金額を固定しようと考えています。

固定金額方式にすることに問題はないでしょうか？

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原則的に費用の按分方法は正確にするのが原則です。

すなわち、例えば電話の場合なら、その月の請求明細書を見て事業使用部分のみを抜き出して、その分のみを会社の経費とするという方法です。しかし、毎月これをやるのは面倒なので、「実際の使用割合」とそんなに大差ないならば、ある程度概算で毎月計算しても課税上弊害がないため、問題ないでしょう。

概算計算の方法としては、一定の率を毎月の請求額に掛けて計算する方法と、お考えの一定額で固定する方法もあるでしょう。

要は、概算で固定的に支払う金額が実際の使用割合等から勘案して、「そんなに大差がない」というならば、問題はないと考えていただいて結構です。