この場合、年末調整は当社では行わないのでしょうか?
1.扶養控除申告書は提出してもらってません。
2.乙欄で徴収しております。

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（１）会社に扶養控除申告書を提出し源泉徴収税額表の甲欄適用者
（２）年末時点で在職者

ということになっています。

このため、ご質問の非常勤役員3名の方については年末調整を行う必要はありません。

ただし、年末調整を行わなくても源泉徴収票は作成し、受給者へ交付するとともに年間役員報酬が150万円を超える方は、会社の所轄税務署へ提出する必要があります。