いくつかの業種を経営するにあたり、法人と個人事業の両方を代表として経営することになる場合、税金はどのようになりますか？やはり、二重に払うことになる税金も発生してしまうのでしょうか？

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法人の場合、赤字であっても、法人住民税の均等割額が課されます。地域によって違いますが、 兵庫県神戸市や、大阪府大阪市では、 資本金１千万以下、従業員５０名以下の会社であれば、 年額７万円となっています。
個人として行う事業については、おそらく事業所得（個人事業としての儲け）に対して、 所得税・住民税・個人事業税等がかかります。
法人から給料を受け取っている場合は、 個人での給与所得となりますので、 個人事業も経営しているなら、上記の事業所得と合算して、 1年間の税計算を行います。
所得税と法人税は、計算方法・税率も異なりますので、 単純に比較はできません。
２重課税となる部分はありませんが、 設立会社がオーナー会社である場合、 下記の税制改正には注意されたほうがよいのではと思います。
平成１８年の税制改正で、 いわゆる「オーナー会社（株主＝役員）」では、 一定の要件を満たす場合、 法人税の計算上、役員給与の一部が損金不算入 （税務上経費として認められない）という規定ができました。