会社の経費にあたる支出(文房具購入費など)を、 個人が支払っており、立替えている状態です。 この立替金は年度内に精算しなければいけないのでしょうか？

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個人が立替ているということは、会社からみると、個人からお金を借りて文房具を購入しているということになります。そこで、文房具を購入した日に、会社が、

（事務用消耗品費）（借入金）×××

という仕訳を入力することになります。そうすると、会社の決算書上は購入等にかかった費用が経費となり、個人からお金を借りている金額が負債としてのこります。

この個人からの借入金は、法人にお金ができたときに個人へ返せばいいわけで、何年以内でなければいけないというしばりはありません。