現在は事務所兼自宅というSOHO型なのですが、 家賃の一部を経費として扱う場合、 通帳のコピーが必要になるかと思います。

その際に、家賃の引き落としをしている通帳が、 個人用なのですが、大丈夫でしょうか？

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契約者名等も大切なのですが、実態が一番大切です。 ご自宅を事業所として使用しているのであれば、経費に計上しても問題ありません。ただ質問にもありましたように、全額ではなく事業部分がどのくらいか？とことになります。事業所として利用している割合を考慮して決めてください。とにかく実態が大切です。通帳等や名義等は二の次になります。

ただ名義等が異なるケースは、こちら側が事業用として使用していることについて立証しなければなりません。 事業用として利用していることを立証できるようにしておいてください。難しく考えず、事業用のパソコンや事業用の本棚やコピー等があれば事業用として利用している事が分かると思います。