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法人税法基本通達７−８−２では、
『修繕費とは、固定資産の修理、改良等のために支出した金額のうちその固定資産の通常の維持管理費用又は、き損した固定資産の原状回復費用等をいいます。』
とあります。

具体的には
<配管代金>500万円
<旧配管撤去処分代、原状回復等の工事代>５００万円
＝合計１０００万円

ですが、明らかに価値を高めるもの又は耐久性を増す場合は、修繕費でなく資本的支出として、その年度での全額経費処理は認められません。

ご質問にあるように、配管が劣化し使用不能との事ですので、品質が同じ材質で、耐久性を増すものでなければ全額修繕費処理となります。