“商法で資本準備金や利益準備金を積み立てなければならない”とありますが、赤字決算の場合は積み立ての必要は無いのでしょうか？

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結論から申し上げますと、赤字であれば何も積む必要はありません。

通常は「繰越損失」として翌期に繰り越すだけです。資本準備金は増資の時、利益準備金は配当の時に積み立てるぐらいで、通常は動かしません。