私の会社(業種：システム開発)の決算日は２０日締めなのですが、主な取引先の締めは月末締めで翌々月２０日払いです。 この場合、決算月の取引はどのように収入に算定すべきでしょうか？

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システム開発の場合の収益計上は、原則として、そのシステムが完成した時点となります。完成後、得意先に引き渡した日が、20日以前か以後かで判断することになります。これは、契約が一括引き受けでやっている場合になります。

開発期間が長期にわたったり、人材派遣的な契約の場合には、収益計上の基準が変わってきます。契約が、開発の進行状況に応じての支払だったり、開発期間を按分しての支払の場合には、その都度収益に計上することになります。また、労働時間に応じての支払の場合には、請求額を収益に計上します。 取引先が月末締めで、会社が20日締めということですが、取引先の締め日は、一切気にする必要はありません。あくまでも、当社の締め日で判断することになります。この場合、請求書の発行の有無も関係ありません。実際の仕事が済んでいるかどうかで判断し、例えば、この部分の金額は、来月分の請求にしてくださいと言われても、決算では、収益に計上しなければなりません。

以上、回答とさせて頂きます。

売上の計上もれは、納税額に大きく影響します。あとで、追徴課税されることも、よくあります。できましたら、決算だけでも、税理士等の専門家に依頼されることを検討してみてください。