フランチャイズ本部から休業補償金が私の会社の口座に振り込まれました。

この休業補償金はどの科目で処理したらよろしいでしょうか？

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営業に直接関連するものではなく、保険事故の発生に基づいて支払われる保険金のようなものですので、営業外収益として、雑収入かもしくはそのまま「休業補償金」という科目を設定されてもいいかもしれません。