現在は個人事業主として働いています。退職前に体調を崩して傷病手当金をもらっており、退職後も傷病手当金をもらっています。

傷病手当金分は所得に含まれないと聞きましたが、退職後にもらっている分も所得に含まれないのでしょうか？

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ANSWER 傷病手当金は所得に含まれません。

退職前から傷病手当金をもらっていたということですね。退職前から傷病手当金をもらっていたということですね。

おっしゃるように傷病手当金は非課税なので、昨年も、今年も所得として含めなくて大丈夫です。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1400_qa.htm

こちらのサイトを参考にして頂ければ幸いです。