会社に勤めながら自分の会社を設立したのですが、なかなか準備が進まず、今現在もスタート出来てない状態です。

社員は自分も含め２人。もちろん、独立した会社の収入は無く、給料もまだ支払っていません。この状態でも税務署に提出する書類があるのでしょうか？

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法人の設立登記が完了した時点で、税務署は給与支払がなされる前提で処理します。たぶん、お手元に源泉所得税納付書、法定調書合計表が郵送されているものと推測します。

現実には動いていないとしても、法人は設立されているのですから、毎月源泉納付書に支給人員0　支給額0　源泉税額0　と記入して税務署に送るのがベストです。すべて0ですので不納付等の罰則はありませんので、1年分まとめてでもかまいませんので、0である主張として、税務署に郵送することをお勧めします。

また、法定調書合計表についても、提出することとされています。罰則規定はありませんので、提出しなかったことによる実害はありませんが、こちらもすべて「該当無し」と記入して、税務署に郵送することをお勧めします。