そこで、スーパーなどから、卸値ではなく販売値段で商品を買い入れ、商品数を増やそうと考えていますが、
ただ単品の商品をそのままの値段で売っても利益にはならないので、セット販売などで利益を得ようと考えております。

スーパーで売られているものを製造元に許可なく利益を上乗せして販売することは、何か問題になるのでしょうか？スーパーと製造元とでは何か契約のようなものを交わしているのでしょうか？

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問屋、小売にかかわらず、仕入れたものを販売することに問題はありません。

どこから仕入れようが、何処の業者から仕入れようが変わりは無いからです。
スーパーと製造元で契約を交わしていることは無いでしょう。

ただし、袋から商品を出したり、他の容器に詰め替えると、食品加工とみなされるので問題があります。

食品、特に生鮮品は、在庫のことを良く考え仕入れることを注意しましょう。