現在休眠状態の法人会社の再設立を考えています。（ちなみに、自主的に廃業した会社です。）
休眠の会社を復活した場合と新規に法人会社を設立した場合、どちらがいいのでしょうか？
また、休眠会社を復活した場合は税金等はどうなるのでしょうか？

【無料】事業計画作成サポートツールなら、3分で事業計画書が無料で作れます。さらに作成した事業計画書を先輩経営者と比較した順位も判定。要チェック！＞＞

会社が休眠になったからといっても、都道府県税・市町村民税の一部を負担するケースがあります。
これは最低で年間5万円ぐらいです。もし、全額過去にさかのぼって負担となれば、その年数分に金利をつけて支払うことになります。
一般的に租税債務は時効が5年ですから、5年分すなわち25万円分プラス金利（年利１４％ぐらいかと思いますが）の追徴を受ける可能性があります。
でも、必ず払えといわれるのではなく、過去2年分や3年分でＯＫですといわれるケースや、何もいわれないこともあるようです。こればっかりはその場になってみないとわからないと思います。
しかしながら、今の休眠会社を使おうとすれば、この追徴のリスクは残ると思います。
一方、会社を新たに設立しようと思えば、新しく資本金（株式会社であれば１０００万円、有限会社であれば３００万円）プラス50万ぐらいの手数料や登録免許税が必要になります。
この新設会社の場合は、すべてをリセットしてスタートできますので、その分リスクはないかと思います。

ここで一つ確認ですが、平成１４年１０月から，５年以上登記のない株式会社について，法務局が強制的に商法第４０６条ノ３の規定による休眠会社の整理作業を行ったことはご存じでしょうか？

同年１０月１日の時点で最後の登記から５年を経過しており，１２月２日（月）までに登記の申請又は「まだ営業を廃止していない」旨の届出をしていない株式会社は，１２月３日付けで解散したものとみなされ，職権で解散の登記がされました。
すなわち、役員の重任登記などをしていない場合には、会社が強制的に解散させられている可能性があります。

ただし、解散の登記がされた株式会社は，解散後３年以内であれば，株主総会の特別決議により会社を継続すること（解散会社を解散前の状態に戻し，営業活動ができるようにすること）ができます。
まず、これにご自身休眠会社が該当していないかご確認ください。
もし、これに該当しておりかつ休眠会社を利用する場合には、特別決議をし、その旨を法務局に届け出る必要があります。