開業にあたって、税務署、保健所、警察などに届出が必要となりますが、自宅が千葉県で、開業地は東京都を予定しており、その場合の届出先はどこになるのでしょうか？

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保健所、警察は店舗所在地を管轄する担当署となります。

税務署については、居住地でも店舗所在地でもでちらでもよく、本人がどちらかを選択することとなります。