海外ビジネスで、代金回収などのトラブルが起こった場合、相談できる日本政府の窓口・団体にはどのようなところがありますか。
または、国際的な調停機関や公的な団体とどうやって連絡したらよいでしょうか。

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◆将来のトラブル防止策とすでに起きてしまったトラブル解決
トラブルを防止するための対策として、まず海外ビジネスではスタート時までに、必ず「文書による契約書」を結んでおくことが必須です。

法律や商習慣の異なる相手ですので、後日紛争がおきた時のためにも合意された約束事は、簡単でもいいので必ず文書契約を結んでください。

また、自社が輸出する、すなわち売り手のケースでは、代金回収問題が、一番頭の痛い問題です。

「前金の支払い」もしくは「銀行の発行する信用状、Ｌ／Ｃ」での取引をするようにしましょう。

支払い条件で合意出来ない時は、そのビジネスをあきらめるほどの覚悟が必要です。

しかし、不幸にして輸出済み商品の代金回収で問題が発生してしまうこともあります。
これは、あせって売り急ぐために、一番多い問題となっています。

相談窓口のある公的機関としては、（社）日本商事仲裁協会というのがありますが、国際ビジネスに関連しては、情報の提供や斡旋が主業務であり、裁判所的な機能はありません。
ただ豊富な情報網があるのでホームページ等で情報を得ることができるでしょう。

海外取引の代金回収問題は、あくまで民間業者の自己責任の問題です。
問題が起きた時に、国や公的機関に頼るというのは無理なことです。

最初に文書契約をして、前金・LC取引が不可能のケースでは、そのビジネスあきらめると考えた方が賢明でしょう。