会社設立後、一定期間（三年ほど）活動を停止せざるを得ない場合、制約・義務があるのかどうかについて教えてください。

【無料】事業計画作成サポートツールなら、3分で事業計画書が無料で作れます。さらに作成した事業計画書を先輩経営者と比較した順位も判定。要チェック！＞＞

よって、税法上、商法上通常の会社が負っている義務が免れるということはないわけです。
当然に記帳・決算や申告もしなければいけませんのでご注意ください。

また、毎年かかる県民税と市民税につきましては、話のもって行き方によってはかからないようにできる可能性があります。ポイントは事業所が存在しないということです。

つまり、事業活動は何も行っておらず、従業員は誰もいない状態であることを説明するわけです。

我々が代理する場合、通常の決算と申告を行いますが、きちんと書類を作ることによって、事業活動が行われていないことをつまびらかにします。
その決算書と申告書に経緯を説明する文書を付けて申告すればほぼ大丈夫だと思います。

また、その際の実務上のポイントとなるのは、会社に財産がないことです。
財産をしっかり持っていて、徴収できそうと県税・市税が考えれば徴収してくることもあり得ます。

ポイントはがんばっても徴収できないと理解していただくことです。
会社の預金に残高があると、利息が発生します。その利息は所得となりますので、お気を付けください。

届出としては、税務署・県税・市税に休業届け（特に様式はありません）を提出しておくと安心です。