開業するにあたり、会社を退職します。
在籍していた会社から企業年金基金についての書類があり、勤続20年未満であれば、「一時金として受け取る」もしくは、「企業年金連合会に移管し年金とする」のどちらかの選択があるようです。 この制度自体が良く理解できていないので、どちらを選択すればいいのか判断に迷っています。 両者の違いとメリット、デメリットなどについて教えて頂けますでしょうか？

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「一時金」として受け取る、「年金」として受け取る、この両者の大きな違いは税金の問題になります。

まず、一時金で受け取った場合についてですが、
課税退職所得=（受取金額?★）×1／2
勤続年数が20年超と20年以下のでは、★が異なります。

20年超のときでは、（20年×40万円）＋（勤続年数?20年）×70万円
20年以下のときでは、勤続年数×40万円

次に年金で受け取った場合は、将来、受け取る公的年金や、事業から得る所得とあわせて申告することになります。 税金の面から言えば、将来年金として受け取ったほうが有利だと思われます。 しかし、当面の事業資金が足りないのであれば、一時金として受け取るのも、ひとつの選択肢として考えられますよね。 ご自分の事業計画と資金計画と人生設計など合わせて考えてみてください。