ネットショップの注意事項に個人輸入した商品の第三者への売却は違法という記載がありました。
海外のネットショップで輸入したものをオークションサイトで販売することは違法なのでしょうか？

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基本的に、個人輸入をしたものをオークションで転売することは法律で禁じられております。

使用済のものを一度や二度なら問題ありませんが、あきらかに転売目的での個人輸入は違法になります。

また、例えば、アメリカ側の場合、日本にすでに販売権をもっている会社が存在する場合訴えられます。

日本企業は販売ライセンスを高額で取得しているので、その権利を侵害することになります。
販売目的で輸入をするのであれば業者との交渉が必要になります。