起業を予定しているのですが、開業後数ヶ月は十分な収入が見込めず、役員の給与については満額を支給することはできないと考えております。

この場合、所得税は実際の支給額を元に計算するのでしょうか？

それとも、元々予定していた金額によって計算していくのでしょうか？

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役員報酬につきましては、一度決めてしまうとそこから同じ期中に上げることが難しくなります。よって、新規の会社様はこのように対応されているところが多いです。

１．売上が一定規模上がって、利益が予想できるまで支給しない。（ただし、期末ぎりぎりで支給開始するような場合、賞与として損金に算入できない（法人税が増える）場合があります）

２．生活に必要な分だけもらっておく

３．最初から多めにもらっておき、業績が悪化した場合下げてしまう。（一度下げると同じ期中にそこから上げることが難しいです）

役員の場合、報酬を実際に支払うかどうかは任意ですので、費用計上だけしておき、支払は後日資金繰りに余裕ができてからというところも多いです。源泉税は実際に支払ったときにかかってきますが、どの部分が源泉を支払った未払金で、どの部分が支払っていない未払金かの区別が非常に煩雑になりますので、多くの会社様は毎月源泉所得税を納めて、自由に使えるお金にしています。