源泉所得税を多く払い過ぎてしまいました。

理由は所得税だけでいいのに住民税なども加算して申告したからです。

どのように取り戻せばよいのでしょうか？

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源泉税の還付手続きをとっていただければ大丈夫です。

デメリットとしては、単純に面倒くさいというだけかと思います。戻るものであれば早めに返してもらった方がよいと思います。昨年の話になりますので、源泉徴収票が変わるのであれば変更して法定調書合計表も変更が必要です。個人側では確定申告をして追加納付をしなければいけない場合が出てくるかと思います。面倒くさいというのはこういう件も含めての話です。実際に見てみないとわかりませんが、フルセットの場合当社で受託しても５万円ぐらいになるかと思います。