「源泉徴収税額表」の月額表に「その月の社会保険料等控除後の給与等の金額」と書いてあります。この表で源泉徴収税額を見る場合、基本給と諸手当から厚生年金と健康保険を引いた金額で見るという意味でしょうか？

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源泉徴収税額は、基本給と諸手当から厚生年金と健康保険を引いた金額で見るということで合っています。

給料から差し引かれる社会保険料等（健康保険料、厚生年金保険料、雇用保険料）については、所得税は非課税となっています。ですので、給料から差引く源泉所得税額の計算では、これら社会保険料等を引いた後の金額を使用します。