会社を設立しましたが、現在はまだ代表取締役の私１人だけで運営してます。税務署には設立申請後から給与が発生する申請を行っております。しかしまだ売上も少ない状況でやっと今月報酬が１ヶ月分支払える状況になりました。

税務署からは所得税分の支払を今月末までに支払うようさまざまな用紙がきましたが、今までの数ヶ月分の未払い給与分の所得税も合わせて支払うということでよろしいのでしょうか？

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おそらく源泉所得税の納期の特例を申請されているのではないかと思いますので、源泉税は1月にまとめて支払うことになります。 納期の特例を受けている方は、さらに１０日間延長できるので、事実上は１／２０までに納付という方が多いようです。その際、未払の給与については源泉徴収をしなくても良く、実際に支払ったときに源泉徴収して納付すればよいことになっています。しかし、それは建前で、実際にこれをやってしまうとどの金額が納付済みで、どの金額が未納なのかがわからなくなってしまう方が多いので、あまりお勧めはしていません。通常の給与計算をして、きちんと預り金を計上しておいて、それをきちんと納付しておくようにすると事務処理は圧倒的に楽になります。

また、給与支払事務所開設届を提出していると年末調整の書類が一式送られてくると思います。最低でも扶養控除等申告書はご準備しておいてください。もし控除がたくさんあるようであれば、年末調整で還付を受けることができます。当然、税務署に支払う源泉税もその分少なくなります。