今月カフェを開店したものです。

お店は賃貸で借りてやっているのですが、はじめに店舗の家賃・礼金・保証金を支払った際、勘定科目はすべて支払家賃に含めてしまったのですが、間違いでしょうか？？

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店舗の家賃・礼金・保証金・仲介手数料の取扱いですが、内容ごとに以下のようになります。

◆家賃

地代家賃(または支払家賃)として処理します。

◆礼金

→部屋を所有する大家さんに対して、お礼の意味として支払います。敷金と違って、退去時に返金されることはありません。

基本は地代家賃として構いません。しかし条件によって勘定科目が変わるのでご注意ください。

・20万円未満の場合→地代家賃
・20万円以上の場合→長期前払費用

となります。

時々、雑費としている方なども見かけますがどちらでも間違いではありません。

◆保証金

→保証金は借主が住んでいる間に何かあったときのために貸主に担保として預けておくお金のこと。

これが一番やっかいな扱いになります。
まず、契約書の内容を読み返し保証金を「返還される部分」と「返還されない部分」に区別します。（全額返還されるケースもありますので必ず分ける訳ではありません。）

参考までに契約書の記載として、

（返還される部分）

・契約終了時に原状回復費用と相殺して返還

・契約終了時に全額返還（返還されない部分）

・20％部分を償却する

・一か月分を償却する

などと書いてあることが多いです。
区分が出来ましたら、返還される部分につきましては貸借対照表に「保証金」（又は敷金保証金など）として計上します。
返還されない部分は長期前払費用として計上し月割償却していきます。償却期間は、5年が基本ですが、賃貸借期間がそれよりも短く、契約更新時に更新料を支払う定めがある場合には賃貸借期間で月割償却します。（ただし、返還される部分の金額が20万円未満の場合には一括して費用処理することができます。）

◆仲介手数料
支払手数料で大丈夫です。

◆管理費、共益費
地代家賃で大丈夫です。