このロイヤリティの勘定項目について質問なのですが、当該仕入価格に込んで計上すべきか、またはロイヤリティとして支払手数料のような勘定として処理すべきでしょうか。

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ロイヤリティは、仕入価格に含めて計上すべきです。

このようなロイヤリティは、輸入の際に、税関に申告する課税価格にも含めなければなりません。

商品は、棚卸資産といって、在庫の評価が必要になります。
棚卸資産の計算には、購入価格のみならず、付随費用とよばれる、運賃、関税、荷役費などを加えなければなりませんが、ロイヤリティも同様に購入価格に加えなければなりません。

支払手数料として、一括の費用とするのではなく、仕入（原価）とすべきです。