基本的に賞与と言うものはないのですが、給料以外に大入りのように、従業員に対して売り上げがよかった月に1〜5万程度支給したいと考えています。

給料に手当てとして組み込むのではなく、直接その分だけをできれば手渡しで渡したいのですが、どのように処理していけばよろしいのですか？

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その場合の金額ならびに頻度が問題となるようですね。

◆給与として処理する場合
支給基準などがあるのでしたら、給与として取り扱われます。 安全な取り扱いは、その月の給与として取り扱う方法ですね。

本来の給与と別に支給するのであっても、本来の給与とその手当てとの合計額から所得税を計算して、 その金額を給与から控除したほうが、賞与扱いするより毎月の手取額は多くなると思われます。

ただし、給与としても賞与としても年税額は結果として同じになりますので、どちらが有利ということはありません。

◆まとめ
アドバイスとしては、大入りとして福利厚生費処理する金額は1回1000円程度として、 残りは給与として支給した方が、後で問題が生じないと思います。

また、いくらまでなら課税されないという基準は存在しません。 基本的な考え方は給与として課税対象と考えてください。