役員の報酬について質問です。

現在、役員は月給にしています。役員は、住宅手当て、交通手当てなどを支給してもいいのですか？

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税金の関係は、源泉所得税の処理となりますが、住宅手当は、課税対象で、通勤手当は、課税・非課税、ケースバイケースです。

代表的なものをあげますと、電車・バスの通勤定期代を支給するときは、経済的でもっとも合理的な経路で通勤した場合の、通勤定期券などの金額で、月10万円までが非課税となります。
マイカー通勤の場合は、非課税となる１か月当たりの限度額が、片道の通勤距離に応じて定められています。