10月から個人で事業を始めようと考えております。

確定申告は、

1月〜9月・・会社勤務での収入

10月〜12月・・・個人事業での収入

を確定申告すればよろしいのでしょうか？

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所得税の世界では、１〜９月分までは「給与所得」１０〜１２月分までは「事業所得」と分類されます。

上記所得は計算方法が違いますが、最終的には合算して所得申告することになります。

給与所得だけでしたら勤め先からの年末調整により税金処理が完了しますが、今回のケースにおきましては来年の確定申告で精算することになりますので、年末調整は不要となります。