理由は、主に職務を行っているのは私で、社長はあまり業務を行わないからです。
役員報酬は「責任に対する報酬」と考えると、社長よりも平取締役のほうが報酬が低いというのはおかしいと、税務署等から指摘されてしまうのでしょうか。

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・その役員の職務の内容
・その会社の収益の状況
・使用人に対する給料の支給状況
・事業規模が類似する同業他社における支給状況

ご質問の場合、平取締役の他が主に職務を行っているとの事ですので、社長より報酬が高くても問題はありません。