これが、個人事業主として始めた場合、申告方法を問わず、上記の控除は外れてしまうのですか？

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しかし、そもそも金額が少額なので、たいした効果は無いかも知れません。

また、青色申告をして帳簿をきちんとつけることによって特別控除の６５万円が取れますので、そちらも活用されるとよいと思います。

利益がたくさん出るのであれば法人化も視野に入れた方が節税しやすいと思います。