とあるＩＴベンチャーから、株式公開するので、私の会社に資本参加し、さらに公開前に自社の株式と交換したいと申しこまれています。

いい話だと思いますが、相手の会社にすべて買ってもらった場合、なにか問題はあるのでしょうか？

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株式を買い取る会社との関係において、このようなことがおきても問題がなければ、それでよいかと思います。

しかし自分の意志で現在の会社を今後も運営していきたいのであれば、少なくとも過半数の株式を保有するべきです。

もし相手の会社に出資をし、相手の会社が上場する前にその出資分に相応する株式を買い取るということであれば、特に問題はないかと思います。