資本金は会社設立後、自分で使ってしまってもいいのでしょうか？

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会社から借り入れて、そのお金を自由に使うのは問題ないと思います。

当然いつかは返済が必要で、他に借入がなければ、一般的な利息(3〜4％程度)を会社に支払う必要があります。

重要な貸付にあたりますので、取締役会議事録を作成しておくことをお勧めします。