株式会社と合同会社では、法人税(市県民税)は異なりますでしょうか。

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両者とも法人には変わりませんので、同じ法人税等が課税されます。

法人税などで取扱いが異なってくるのは、「資本金の額」や「従業員の数」などですので、この2つが同じならば株式会社であろうが合同会社であろうが税制上の取扱いは変わりません。