以前までは個人事業で青色申告をしていました。 今回確認会社で設立するため、創業者条件により個人事業を廃業いたしました。

個人事業を廃業しても青色申告は継続しておりますが、法人設立までに要した設立申請用紙購入費や交通費などのその他活動経費は引き続き経費計上できるのでしょうか？

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個人事業をすでに廃業されているということですので、法人設立準備以降の活動費については法人に請求するのが妥当ではないでしょうか。

個人事業を廃業した日以降の日付の領収書は法人に負担させるぐらいの明確な線引きができると良いかと思います。廃業日以前のものは、個人事業に関するものであれば個人の経費に、法人設立準備のものであれば法人負担にするのがよいと思います。法人側では、設立費用に関しては創立費として、税務上はいつでも償却してよい事になっていますので、税金が出れば償却しますが、赤字の場合は繰り越すというように自由な処理が可能です。（商法上は毎期１／５以上の償却が必要です。）また、赤字の繰り越し年数は法人が7年で、比較的長くなっていますので、その期間内に利益を出せばいいことになります。

設立当初はお金もないことが多いので、未払金か借入金として法人の負債として貯めておくことが多いと思います。 お金が貯まってきたらいつでも引き出してかまいません。